L'intrigue reprend 125 ans après les événements ayant conduit à l'évacuation de la Terre lors de l'explosion d'une bombe nucléaire sur la vallée, dernier endroit viable. Les 411 Terriens ayant survécu à cette nouvelle catastrophe se réveillent du sommeil cryogénique à bord du vaisseau des prisonniers grâce auquel ils se sont échappés, à proximité d'une autre planète tournant autour de deux étoiles, la Terre n'étant définitivement plus viable. Clarke et ses amis seront confrontés à de nouvelles menaces : les Primes, les Enfants de Gabriel et Sheidheda, le commandant obscur.
Épisode 1
Encore sous le choc après avoir reçu le message de Monty, un petit groupe part à la découverte de la mystérieuse nouvelle planète. De retour sur le vaisseau mère, plusieurs membres de Wonkru font face aux conséquences de leurs décisions.
Épisode 2
L'équipe tente de survivre à la menace à laquelle elle doit faire face sur la nouvelle planète. Pendant ce temps, Raven doit unir ses forces à un allié improbable afin de sauver tout le monde à bord du vaisseau-mère.
Épisode 3
Clarke tente de convaincre les dirigeants de Sanctum de laisser rester son peuple sur cette planète. Pendant ce temps, Bellamy, Echo et Octavia découvrent une nouvelle menace alors qu’ils sont en mission pour récupérer un navire de transport.
Épisode 4
Clarke embrasse les traditions de Sanctum et tente de faire amende honorable pour ses actions passées. Octavia et Diyoza se retrouvent à combattre une faction de survivants.
Épisode 5
Jordan enquête sur Sanctum. Au même moment, Octavia et Diyoza découvrent les menaces qui pèsent sur la nouvelle planète. Enfin, Bellamy et Clarke s'affrontent.
Épisode 6
Diyoza en apprend plus sur les mystérieux enfants de Gabriel. Pendant ce temps, Abby continue à chercher un moyen de sauver Kane.
Épisode 7
Le passé de Clarke la rattrape...
Épisode 8
Octavia et Diyoza se dirigent vers une mystérieuse anomalie tandis qu'elles sont à la recherche du vieil homme. Au même moment Murphy fait une offre à Emori.
Épisode 9
Bellamy doit s'aventurer en territoire ennemi avec un compagnon improbable. Pendant ce temps, Octavia est obligée de faire face à son passé.
Épisode 10
Russell réclame justice. Pendant ce temps, Gabriel doit faire un choix difficile. Enfin, les frères et sœurs de Blake se réunissent.
Épisode 11
Bellamy et Octavia doivent travailler ensemble pour sauver leurs amis. Au même moment, Echo est obligée de faire face à son passé.
Épisode 12
Une journée de nommage change tout à Sanctum. Gabriel fait face à un vieil ami.
Épisode 13
Sanctum devient un champ de bataille entre les dévots et les non-croyants. Le mystère autour de l'anomalie s'approfondit.